La concessione dell´Autonomia con il DPR 275/1999, con il presupposto del ridimensionamento degli istituti scolastici, ha determinato la creazione dell’Istituto Comprensivo “A. Pacinotti”, attraverso la fusione della scuola media con il I Circolo Didattico di Pontedera. Negli ultimi anni la scuola ha sperimentato forme di organizzazione didattica flessibile, proponendo orari di frequenza differenziati con attività di laboratorio orientante e attività individualizzate di vario tipo. Da citare anche l´impegno progettuale e organizzativo nel settore dell´educazione degli adulti, grazie al quale i corsi per il conseguimento della licenza media (150 ore) si sono evoluti nella creazione di un Centro territoriale permanente, divenuto capofila degli altri centri analoghi della Provincia di Pisa, impegnato a dare risposta al diffuso bisogno di riqualificazione e di progresso culturale del territorio. Dall’anno scolastico 2017/18 l’Istituto è divenuto Centro per l’Inclusione (ex CTI) e si impegna nella realizzazione di percorsi e attività finalizzate all’innalzamento dei livelli di inclusione scolastica per studenti stranieri, disabili, BES, in collaborazione con le scuole della Rete di Ambito 19 della Provincia di Pisa.